La dirección y la Administración de la Zona Libre de Colón corresponde a la Junta Directiva, al Comité Ejecutivo, y al Gerente General de la Zona Franca.
La junta Directiva de la Zona Libre de Colón esta conformado por el Ministro de Comercio e Industria ( quien la preside ), el Ministro de Presidencia, el Ministro de Economía y Finanzas, los miembros del Comité Ejecutivo, el o (la) Gerente General de la Zona Libre y el Control General de Républica.
El Comité Ejecutivo esta integrado por el Gerente de institución y cinco (5) ciudadanos panameños nombrados por el Órgano Ejecutivo. La ley determina que la Administración de Zona Libre de Colón , tiene autoridad y responsabilidad sobre todas aquellas actividades que se realicen y mercancía que depositen y se manufacture dentro de área de seguridad. Esta autoridad comienza cuando la mercancía se recibe en la entrada del área comercial y termina cuando después de revisada la documentación correspondiente se entrega a los funcionarios de Aduana habilitados dentro de la Zona Libre para su conducción y vigilancia puertos de embarque dentro del territorio aduanero de la República; es decir que la responsabilidad en este caso de Aduana de la Zona Libre de Colón, es evitar la violación de leyes aduaneras y fiscales de República.
| Nombre | Cargo | Tel. Directo | Correo Electronico |
| Nilda I. Quijano P. | Gerente General | 475-9512 | nilda@zolicol.org |
| Juan Fidel Macías C. | Subgerente General | 475-9511 | juanf@zolicol.org |
| Mario Hoyte | Secretario General | 475-9508 | mario@zolicol.org |
| Arsenia Blake | Asesora Legal | 475-9516 | ablake@zolicol.org |
| Olga Antonio | Directora de Mercadeo | 475-9524 | brizeila@zolicol.org |
| Nilda Ceballos | Director Administrativo | 475-9532 | nildaceballos@zolicol.org |
| Raúl Moreira | Director de Planif. y Finanzas | 475-9540 | moreira@zolicol.org |
| María Elena Nethersole | Directora de Comercialización | 475-9561 | mariae@zolicol.org |
| Alfonso Houlston | Director de Seguridad | 475-9552 | alonzo@zolicol.org |
| Luis Molinar | Director de Ing. y Mantenimiento | 475-9574 | lmolinar@zolicol.org |